Skip to main content

Table 8 Gene variants obtained by amplicon sequencing in different isolates

From: Distribution of blaCTX − M, blaTEM, blaSHV and blaOXA genes in Extended-spectrum-β-lactamase-producing Clinical isolates: A three-year multi-center study from Lahore, Pakistan

Gene variant

Total (n = 392)

Escherichia coli (n = 321)

Klebsiella pneumoniae (n = 124)

Enterobacter cloacae (n = 20)

Pseudomonas aeruginosa (n = 24)

Acinetobacter baumannii (n = 8)

Chi-score

*p-value

bla CTXM-1

303 (76)

238 (74)

53 (43)

5 (25)

7 (29)

0 (0)

13.2333292

< 0.0001

bla CTX-M-15

260 (86)

204 (98)

48 (91)

3 (50)

5 (71)

0 (0)

6.336967046

0.0118

bla OXA

203 (52)

126 (39)

35 (28)

15 (75)

19 (79)

8 (100)

11.31364661

<0.0001

bla OXA-1

99 (49)

69 (55)

0 (0)

7 (50)

0 (0)

0 (0)

4.800612279

0.0284

bla OXA-50

7 (3)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

7 (100)

0 (0)

3.997740394

0.0456

bla OXA-144

2 (1)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

2 (25)

32.84026642

<0.0001

bla OXA-23

4 (2)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

4 (50)

65.68053525

<0.0001

bla OXA-371

2 (1)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

2 (25)

32.84026642

<0.0001

bla OXA-58

2 (1)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

2 (25)

32.84026642

<0.0001

bla OXA-68

2 (1)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

2 (25)

32.84026642

<0.0001

bla OXA-94

2 (1)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

2 (25)

32.84026642

<0.0001

bla TEM

109 (28)

82 (29)

23 (19)

4 (20)

0 (0)

0 (0)

16.56736583

<0.0001

bla TEM-1B

69 (34)

76 (33)

19 (83)

1 (25)

0 (0)

0 (0)

1.942065018

 

bla SHV

82 (21)

10 (3)

65 (52)

7 (35)

0 (0)

0 (0)

13.56652163

<0.0001

bla SHV-10

5 (6)

1 (10)

4 (8)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

5.566456898

0.0183

bla SHV-11

47 (57)

0 (0)

47 (89)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

22.26584202

<0.0001

bla SHV-1

13 (16)

0 (0)

13 (25)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

16.69937791

<0.0001

bla SHV-27

4 (5)

0 (0)

4 (8)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

5.566456898

0.0183

bla SHV-28

4 (5)

0 (0)

4 (8)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

5.566456898

0.0183

bla SHV-83

24 (29)

0 (0)

24 (45)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

5.566456898

0.0183

Gene combinations

blaCTX-M-15 + blaOXA-1

71 (14)

55 (60)

5 (42)

2 (10)

0 (0)

0 (0)

5.44065331

0.0197

blaOXA-1 + blaTEM-1B

30 (6)

22 (20)

6 (50)

1 (5)

0 (0)

1 (13)

0.485769791

 

blaCTX-M-15 + blaTEM-1B

44 (9)

33 (7)

10 (8)

0 (0)

0 (0)

1 (13)

1.009389671

 

blaCTX-M-15 + blaSHV-11

4 (3)

0 (0)

4 (33)

0 (0)

0 (0)

0 (0)

19.46666667

<0.0001

blaCTXM-15 + blaOXA-1 + blaTEM-1B

28 (4)

22 (7)

5 (4)

0 (0)

0 (0)

1 (25)

0.234071093

 
  1. *only p-values <0.05 are shown