Table 1 Streptococcus and Enterococcus reference species used for analyses

S. acidominimus

DSM20622

16S rRNA

sodA, tuf, rpoB

S. adjacens

DSM9848

tuf, rpoB

sodA

S. anginosus

4188/08^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. australis

2086/09^b

sodA

tuf, rpoB

S. canis

S58^a

sodA, rpoB

tuf

S. constellatus

4093/08^b

tuf, rpoB

–

S. cremoris

DSM20069

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. criceti

DSM20562

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. cristatus

3965/07^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. difficilis

ATCC700208

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. downei

DSM5635

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. durans

ATCC19432

sodA, tuf, rpoB

–

S. dysgalactiae

S59^a

16S rRNA, tuf

sodA

S. equi

886/14^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. equinus

9946/11^b

16S rRNA

sodA, tuf, rpoB

S. gallolyticus

S17^a

16S rRNA, tuf

–

S. gordonii

381/08^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. infantarius

DSM22957

rpoB

–

S. infantis

3800/09^b

16S rRNA

sodA, tuf, rpoB

S. intermedius

1507/09^b

sodA, tuf, rpoB

–

S. mitis

PL429^c

tuf, rpoB

–

S. mutans

593/09^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. oligofermentans

LMG 22279

16S rRNA

sodA, tuf, rpoB

S. oralis

PL430^c

sodA, tuf, rpoB

–

S. ovis

DSM16829

sodA, rpoB

tuf

S. parasanguinis

2605/14^b

sodA, tuf, rpoB

–

S. pasteurianus

4035/12^b

tuf, rpoB

sodA

S. pluranimalium

DSM15636

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. pneumoniae

p60^a

tuf, rpoB

–

S. porcinus

DSM20725

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. pseudopneumoniae

p25^a

rpoB

tuf

S. pseudoporcinus

DSM18513

16S rRNA, rpoB

sodA, tuf

S. pyogenes

S43^a

16S rRNA, tuf, rpoB

–

S. saccharolyticus

ATCC43076

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. salivarius

3917/16^b

sodA, tuf, rpoB

–

S. sanguinis

4416/10^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. sinensis

DSM14990

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. sobrinus

864/02^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. suis

174/12^b

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

S. tigurinus

ATCC15914

sodA, tuf, rpoB

–

S. uberis

DSM20569

sodA, tuf, rpoB

–

S. urinalis

PL432^c

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

E. avium

E16^a

sodA, tuf, rpoB

–

E. casseliflavus

E1^a

sodA, tuf, rpoB

–

E. cecorum

DSM20682

16S rRNA, sodA, tuf, rpoB

–

E. durans

E4^a

sodA, tuf, rpoB

–

E. faecium

E18^a

tuf, rpoB

sodA

E. faecalis

E12^a

sodA, tuf, rpoB

–

E. hirae

E9^a

sodA, tuf, rpoB

–

E. porcinus

LMG 12287

16S rRNA, sodA, rpoB

tuf

E. raffinosus

E11^a

sodA, tuf, rpoB

–