Skip to main content

Table 2 The comparison of indistinguishable pairs or groups of Streptococcus and Enterococcus species after Sanger sequencing of 16S rRNA, sodA, tuf and rpoB genes and NGS of 16S rRNA, 23S rRNA genes, intergenic spacer region and whole 16S–23S rRNA region

From: Development of a reference data set for assigning Streptococcus and Enterococcus species based on next generation sequencing of the 16S–23S rRNA region

Sequencing target Indistinguishable pairs or groups of Streptococcus species Indistinguishable pairs or groups of Enterococcus species
Sanger 16S rRNA gene S. adjacens - Granulicatella para-adiacens; S. australis - S. mitis; S. canis - S. dysgalactiae; S. constellatus - S. anginosus; S. durans - E. hirae; S. infantarius - S. equinus; S. intermedius - S. anginosus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. oralis - S. sanguinis; S. ovis - S. minor; S. parasanguinis - S. mitis; S. pasteurianus - S. gallolyticus; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis; S. uberis - S. hongkongensis E. avium - E. gilvus; E. casseliflavus - E. gallinarum; E. durans - E. faecium; E. faecalis - Weissella cibaria; E. hirae - E. faecium; E. raffinosus - E. gilvus
Sanger sodA gene S. constellatus - S. anginosus; S. dysgalactiae - S. pyogenes; S. gallolyticus - S. bovis; S. infantarius - S. equinus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. pyogenes - S. equisimilis
Sanger tuf gene S. infantis - S. tigurinus; S. infantarius - S. equinus
Sanger rpoB gene S. dysgalactiae - S. pyogenes; S. gallolyticus - S. pasteurianus
NGS 16S rRNA gene S. australis - S. oralis; S. canis - S. dysgalactiae; S. constellatus - S. milleri; S. durans - E. hirae; S. infantarius - S. equinus; S. intermedius - S. anginosus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. ovis - S. minor; S. parasanguinis - Okadaella gastrococcus; S. pasteurianus - S. gallolyticus; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis; S. uberis - S. hongkongensis E. avium - E. gilvus; E. casseliflavus - E. gallinarum; E. durans - E. faecium; E. faecalis - Weissella cibaria; E. hirae - E. durans; E. raffinosus - E. gilvus
NGS intergenic spacer region S. constellatus - S. milleri; S. infantarius - S. equinus; S. infantis - S. pneumoniae; S. mitis - S. oralis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. infantis E. casseliflavus - E. gallinarum
NGS 23S rRNA gene S. anginosus - S. milleri; S. constellatus - S. milleri; S. cremoris - Lactococcus lactis; S. infantarius - S. equinus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis E. casseliflavus - E. gallinarum; E. hirae - E. durans
NGS 16S–23S rRNA region S. infantarius - S. equinus; S. pseudopneumoniae - S. pneumoniae; S. tigurinus - S. oralis E. casseliflavus - E. gallinarum