Sequencing target | Indistinguishable pairs or groups of Streptococcus species | Indistinguishable pairs or groups of Enterococcus species |
---|---|---|
Sanger 16S rRNA gene | S. adjacens - Granulicatella para-adiacens; S. australis - S. mitis; S. canis - S. dysgalactiae; S. constellatus - S. anginosus; S. durans - E. hirae; S. infantarius - S. equinus; S. intermedius - S. anginosus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. oralis - S. sanguinis; S. ovis - S. minor; S. parasanguinis - S. mitis; S. pasteurianus - S. gallolyticus; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis; S. uberis - S. hongkongensis | E. avium - E. gilvus; E. casseliflavus - E. gallinarum; E. durans - E. faecium; E. faecalis - Weissella cibaria; E. hirae - E. faecium; E. raffinosus - E. gilvus |
Sanger sodA gene | S. constellatus - S. anginosus; S. dysgalactiae - S. pyogenes; S. gallolyticus - S. bovis; S. infantarius - S. equinus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. pyogenes - S. equisimilis | – |
Sanger tuf gene | S. infantis - S. tigurinus; S. infantarius - S. equinus | – |
Sanger rpoB gene | S. dysgalactiae - S. pyogenes; S. gallolyticus - S. pasteurianus | – |
NGS 16S rRNA gene | S. australis - S. oralis; S. canis - S. dysgalactiae; S. constellatus - S. milleri; S. durans - E. hirae; S. infantarius - S. equinus; S. intermedius - S. anginosus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. ovis - S. minor; S. parasanguinis - Okadaella gastrococcus; S. pasteurianus - S. gallolyticus; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis; S. uberis - S. hongkongensis | E. avium - E. gilvus; E. casseliflavus - E. gallinarum; E. durans - E. faecium; E. faecalis - Weissella cibaria; E. hirae - E. durans; E. raffinosus - E. gilvus |
NGS intergenic spacer region | S. constellatus - S. milleri; S. infantarius - S. equinus; S. infantis - S. pneumoniae; S. mitis - S. oralis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. infantis | E. casseliflavus - E. gallinarum |
NGS 23S rRNA gene | S. anginosus - S. milleri; S. constellatus - S. milleri; S. cremoris - Lactococcus lactis; S. infantarius - S. equinus; S. mitis - S. pneumoniae - S. pseudopneumoniae; S. salivarius - S. equinus; S. tigurinus - S. mitis | E. casseliflavus - E. gallinarum; E. hirae - E. durans |
NGS 16S–23S rRNA region | S. infantarius - S. equinus; S. pseudopneumoniae - S. pneumoniae; S. tigurinus - S. oralis | E. casseliflavus - E. gallinarum |